Los docentes de la UTMACH además de instruir a los futuros profesionales, tienen la misión de diseñar programas de cuarto nivel pertenecientes a las diferentes áreas del conocimiento repartidas en las diferentes Unidadaes Académicas, de las cuáles, actualmente se encuentran en diseño los siguientes programas para que sean parte de la oferta del 2018:
Programa de maestría Titulo que otorga
ENFERMERÍA Magister en Enfermería Menciones: Clínico Quirúrgico y Materno Infantil
ACUICULTURA Magister en Acuicultura Mención Producción Acuícola
SISTEMA DE INFORMACIÓN GEOGRÁFICA APLICADO A LOS RECURSOS NATURALES Magister en Sistemas de Información Geográfica Aplicado a los Recursos Naturales
AGRONOMÍA Magister en Agronomía Mención Agricultura y Agronegocios Sostenibles
PEDAGOGÍA DE LOS IDIOMAS NACIONALES Y EXTRANJEROS Magister en Pedagogía de los Idiomas Nacionales y Extranjeros Mención Didáctica de la Lengua Inglesa
EDUCACIÓN Magister en Educación Mención Tecnología Educativa e Innovación Educativa
EDUCACIÓN Magister en Educación Mención Liderazgo y Gestión Educativa
COMUNICACIÓN Magister en Comunicación Mención Gestión de la Comunicación para el Sector Público
TECNOLOGÍAS DE LA INFORMACIÓN Y LA COMUNICACIÓN Magister en Tecnologías de la Información y Comunicación
ADMINISTRACIÓN DE EMPRESAS Magister en Administración de Empresas Mención en Dirección y Gerencia
MARKETING Y DIRECCIÓN ESTRATÉGICA Magister en Marketing y Dirección Estratégica
NEGOCIOS INTERNACIONALES Magister en Negocios Internacionales Mención Marketing y Comercio Exterior